公司成立于1951年，于1996年在上海证交所上市，是中国医药流通业首家上市企业，治理结构规范。公司现已由地区性单体企业成长为跨地区、集团化、网络型的特大型企业，有近70家分子公司，员工5000多人，市场覆盖苏皖闽等地及云鄂川部分地区，以医药供应链服务业务、健康连锁业务为主营业务。2013年位列财富中国500强企业排行榜第241位。
公司是苏、皖、闽等地的药品器械储备定点单位及解放军总后、海军药品器械储备定点单位、中国医药商业协会副会长单位等，目前服务46000多家客户，汇总年销售收入200亿元左右，位居国内医药流通业第七位。
南京医药是国内药事服务业务先行者，公司的药事服务模式已成为深化中国医改、实践医药分开的可借鉴可操作的成功路径之一。公司《医药流通企业基于利益协同的药事服务管理》项目曾在2011年荣获第十七届“全国企业管理现代化创新成果”一等奖，这是我国医药流通企业和江苏省企业首次获此殊荣。目前，全国与南京医药开展药事服务合作的二、三级医院已达几百家，开展药事服务区域由南京向本省及部分外省发展，业务从城市发展到乡镇、地方医院发展到部队医院、一级医院发展到三级医院。
南京医药以“为公众和社会提供健康产品与服务，使人们生活得更健康、更安全、更有活力”为企业宗旨，以“诚信勤勉、创新创业、和谐共赢”为企业精神，倡导“业绩为王、投资讲回报、盈利光荣”的价值观，致力成为社会尊重、公众信赖、员工满意的健康企业。